Die Vertreterversammlung ist das oberste Organ der Genossenschaft. Sie besteht aus den gewählten Vertretern der Mitglieder und hat die gleichen gesetzlichen Zuständigkeiten wie eine Mitgliederversammlung. Den Vertretern gegenüber haben der Vorstand und der Aufsichtsrat Rechenschaft über ihre Tätigkeit abzulegen.
Die Vertreterversammlung wählt den Aufsichtsrat, der bei der Familienheim Freiburg aus neun Personen besteht. Der Aufsichtsrat hat den Vorstand bei seiner Geschäftsführung in allen Zweigen der Verwaltung zu überwachen und sich über die Angelegenheiten der Genossenschaft zu informieren, insbesondere über die Unternehmensplanung sowie auch über die Risiken der künftigen Entwicklung. Der Aufsichtsrat wahrt die Interessen der Mitglieder gegenüber dem Vorstand.
Der Vorstand der Familienheim Freiburg besteht aus zwei Personen und leitet die Genossenschaft eigenverantwortlich. Er ist für alle Angelegenheiten der Geschäftsführung zuständig, die ihm nach Gesetz und Satzung obliegen. Der Vorstand hat die Grundsätze ordnungsgemäßer Geschäftsführung zu beachten und die Sorgfalt eines ordentlichen und gewissenhaften Geschäftsleiters anzuwenden.